Черноголовая гаичка внешне очень похожа на
буроголовую гаичку (пухляка). Не всегда возможно их отличить по внешнему виду. Шапочка черноголовой отливает синеватым блеском, однако это отличие касается только взрослых птиц. Один из отличительных признаков черноголовой - отсутствие "бычьего загривка", то есть переход от головы на спину более резкий, чем у буроголовой. Чёрная шапочка в среднем более короткая.
Другие отличительные признаки: практически однотонное крыло; более толстый и короткий клюв; часто у черноголовых чёрное пятно на горле меньше, чем у буроголовых. У черноголовой гаички разница в длине между крайними и внутренними хвостовыми перьями в среднем меньше, чем у буроголовой, но этот признак трудно использовать, если птица не в руках. Проще же всего черноголовую и буроголовую гаичек различать по голосу.
Прибайкальская черноголовая гаичка, в отличие от пухляка, город не очень любит и на руки к кормящим не присаживается, но вне гнездового времени тоже доверчива к людям.
В Прибайкалье гнездится в дуплах. Предпочитает пойменные леса.