В верховьях реки, практически на перевале Хонголдойском, расположено озеро Хонголдойское.
Слово "ара" по-бурятски означает "противоположный" (в смысле "текущий с противоположной стороны хребта").
Одна из версий происхождения топонима "хонголдой" — искажённое "хонхортой" от "хонхор" — "углубление, выбоина, впадина".