Встречается на лесных полянах, в разреженных лиственных и смешанных лесах, зарослях кустарников. Название "башмачок известняковый" объясняется тем, что цветок часто растёт на карбонатных почвах.
Вид занесён в Красные книги РФ, Республики Бурятия и Иркутской области.