Крупный правый приток Зун-Мурэна длиной 24,5 км. Начинается на юго-западных склонах хребта Улан-Сардык – северном отроге Хангарульского хребта. Верхний, 7.25-километровый, отрезок (до впадения в реку небольшого левого притока Хамар-Бильчир) Ехэ-Худуя имеет название Тэмэн-Сул. Средний, 10.25-километровый, отрезок (между левыми притоками Хамар-Бильчир и Худу) известен как Ехэ-Худуй. А нижний, 7-километровый, отрезок (от места впадения левого притока Худу) Ехэ-Худуя называют Худу.
Исток находится на высоте 2160 м, устье - на высоте 1360 м. Падение составляет 800 м. Генеральное простирание долины: юго-восток – северо-запад. В среднем отрезке она изгибается к юго-западу. Долина Ехэ-Худуя здесь широкая, в верховьях и в низовьях - более узкая. По крутизне склонов в верховьях и в низовьях долина реки в целом симметрична. В среднем отрезке долины имеется асимметрия - правые склоны круче левых. Асимметрия по высоте бортов в среднем отрезке также имеется: левый борт, относящийся к Хангарульскому хребту, выше правого, являющегося отрогом хребта Улан-Сардык. Перепады высот от днища до водоразделов составляют 400-700 м. Уклон в основном равномерный, однако в верховьях есть выраженная ступень.
У Ехэ-Худуя два крупных притока (Худу и Хара-Худу) и немалое количество более мелких. Многие мелкие притоки Ехэ-Худуя, в отличие от случаев с другими реками со схожими характеристиками, имеют названия.
Долина реки в основном залесена. Преобладают лиственничные и кедрово-лиственничные леса. Широкое днище долины на её среднем отрезке часто безлесое. Оно занято лиственничными редколесьями, зарослями кустарников и травянистой растительностью. Наиболее крутые (правые) склоны в среднем отрезке долины также часто безлесы. В днище долины, в самых её низовьях, леса тоже немного.
Долина Ехэ-Худуя, несмотря на её удалённость от населённых мест, давно освоена людьми. По ней проходила караванная дорога, по которой осуществлялась связь с Забайкальем и с Монголией. В середине ХХ века здесь была проложена телефонная линия; сейчас она заброшена. С телефонной линией была и дорога. Дорога есть и сейчас. На высокопроходимом транспорте по ней можно заезжать со стороны Закаменского района. В долине сохранились старые зимовья и летники. С недавних пор в её верховьях располагается кордон Тункинского национального парка.
Описание составлено А. Редькиным