Слово "горхон" по-бурятски означает "ручей", "хара" означает "черная". Название объясняется либо тем, что зимой на реке встречаются полыньи, либо просто чистой водой ручья (в бурятском языке прилагательное "черная" применительно к воде означает "чистая").