Слово "жалга" по-бурятски означает "ложбина", "овраг", "ручей", "хара" означает "черная". Название объясняется либо тем, что зимой на реке встречаются полыньи, либо просто чистой водой реки (в бурятском языке прилагательное "черная" применительно к воде означает "чистая").