Название реки произошло от бурятского слова "элшэ" — "лучистый". По-видимому, название обязано "лучистому", солнечному перевалу из долины реки к Иркуту, в Тункинскую долину.
У местного населения название "Ильча" имела река Култучная. Точнее, они считали основным руслом Култучной то, что сейчас считается притоком — реку Ильчу. Так именовалась река от Ильчинского перевала до Байкала.