История посёлка начинается в 1830 годах: местность эта, расположенная в 256 верстах от Иркутска, обратила на себя внимание своими горячими минеральными источниками. В 1843 г. здесь начаты постройки, а в 1845 г. Иркутский архиепископ Нил Столбенский, посетивший эти воды, решил построить здесь церковь, для просвещения инородцев. В честь основателя храма место и получило название Ниловской пустыни.
Сегодня основную часть посёлка занимает одноимённый курорт, использующий Ниловские горячие источники.
В Ниловку ходят автобусы из Слюдянки, Иркутска, Улан-Удэ. Ниловка - основной пункт, до которого доезжают, направляясь к Шумакскому перевалу. Дальнейший путь ведёт далее по дороге около 5 км (ещё через 5 км она доходит до Хойто-Гола), потом направо ещё около 7 км в принципе проезжей дороги. По этой же дороге можно добираться и до рек Хургуты, Хаюрта, Шунтын-Горхон, Чертолен-Горхон, Хубуты.
По дороге на Хойто-Гол, в 3 км от Ниловки, находится священная гора Хайр-Хан.